Cao Đài mười hai chi phái là một thuật ngữ thường dùng trong các tín đồ đạo Cao Đài thuộc các chi phái trừ Tòa Thánh Tây Ninh, được dùng để chỉ toàn thể đạo Cao Đài không phân biệt tông phái.Con số 12 là con số linh thiêng trong đạo Cao Đài, vì vậy nói 12 phái Cao Đài là một hình thức ước lệ để chỉ toàn bộ tôn giáo Cao Đài, dù trên thực tế số chi phái Cao Đài có thể ít hơn hoặc nhiều hơn 12. Hoài Nhân, trong "40 năm lịch sử Ðạo Cao Ðài 1926-1966" trang 109, đã liệt kê ra được 35 Chi phái (Dẫn theo Cao Đài Từ điển). Tính đến hết năm 2010, nhà nước Việt Nam đã công nhận 38 tổ chức, giáo hội Cao Đài như những pháp nhân độc lập. Con số 12 chi phái là do phái Tiên Thiên đưa ra từ một bài cơ bút.[1]Dưới đây là những tông phái Cao Đài từng hoạt động trong lịch sử:
